Takođe je važno kako pripremate jaja. U idealnom slučaju, jedite ih sveža ili što manje obrađena kako bi se sačuvale sve hranljive materije u njima. Rizik od dobijanja salmonele od jaja uvek je izuzetno mali. Možda je još manji kod jaja od kokošaka gajenih na pašnjacima.
Ako ne možete da jedete sveža jaja, sledeća najbolja opcija jeste da ih jedete poširana ili rovita (s kojom kapi MCT ulja). Pržena jaja i kajgana su najgori, jer holesterol u jajima oksidiše na visokim temperaturama, što može predstavljati problem ako imate visok holesterol. Zagrevanjem jaja menja se hemijski sastav proteina u njima, što može dovesti do alergijskih reakcija ili osetljivosti. Jaja sadrže male količine ugljenih hidrata, što treba da se uračuna u ukupni dnevni unos ugljenih hidrata.